Zetsuen no Tempest ceritanya dimulai dengan Mahiro Fuwa, seorang remaja yang hidupnya hancur setelah pembunuhan misterius terhadap adiknya, Aika Fuwa. Terobsesi dengan balas dendam, Mahiro menghilang dari kehidupan sehari-harinya, bertekad untuk menemukan dan menghukum pelaku di balik kematian adiknya. Temannya, Yoshino Takigawa, yang ternyata diam-diam menjalin hubungan dengan Aika sebelum kematiannya, terus melanjutkan kehidupannya tanpa mengetahui keberadaan Mahiro.
Segalanya berubah ketika Mahiro tiba-tiba muncul kembali, kini dibantu oleh seorang penyihir kuat bernama Hakaze Kusaribe. Hakaze, pemimpin Klan Kusaribe, telah dibuang ke sebuah pulau terpencil oleh anggota klannya sendiri yang memberontak. Mereka berniat membangkitkan “Pohon Zetsuen,” sebuah entitas yang memiliki kekuatan untuk menghancurkan dunia, demi memenuhi ambisi mereka.
Hakaze berhasil menghubungi Mahiro dan menawarkan bantuannya untuk menemukan pembunuh Aika, asalkan Mahiro membantunya mencegah rencana klannya. Mahiro setuju, dan dengan kekuatan magis Hakaze, ia memulai perjalanan yang berbahaya, ditemani oleh Yoshino yang akhirnya terlibat dalam pencarian ini.
Seiring dengan semakin mendalamnya cerita, terungkap bahwa kematian Aika terkait erat dengan konflik antara Pohon Zetsuen dan Pohon Genesis, dua entitas kuat yang menentukan nasib dunia. Yoshino dan Mahiro harus menghadapi teka-teki besar yang melibatkan takdir, pengkhianatan, dan pertanyaan tentang peran mereka dalam peristiwa besar yang mengancam dunia.
