Witch Craft Works bercerita tentang Honoka Takamiya yang awalnya menjalani kehidupan biasa, meskipun ia sering merasa iri dengan popularitas teman sekelasnya yang cantik dan sempurna, Ayaka Kagari, yang dikenal sebagai “Princess” oleh semua orang di sekolah. Namun, kehidupan tenangnya berakhir ketika ia diserang oleh sekelompok penyihir jahat yang ingin menculiknya. Dalam situasi genting itu, Ayaka muncul untuk menyelamatkannya—dan ternyata, Ayaka adalah seorang penyihir kuat yang telah ditugaskan untuk melindunginya.
Honoka mengetahui bahwa ia menyimpan kekuatan misterius yang dikenal sebagai “White Stuff,” yang menjadi kunci konflik besar antara dua faksi penyihir: Workshop Witches yang melindungi manusia, dan Tower Witches yang ingin memanfaatkan kekuatannya untuk tujuan jahat. Ayaka bersumpah untuk melindungi Honoka dengan segala cara, bahkan jika itu berarti menghancurkan musuh-musuhnya dengan kekuatan magisnya yang luar biasa.
