Triage X mengikuti Arashi Mikami, seorang remaja yang bekerja untuk organisasi rahasia bernama Black Label. Organisasi ini terdiri dari para dokter dan ahli tempur yang menjalankan misi untuk “mengeliminasi” elemen-elemen berbahaya dalam masyarakat, seperti penjahat, gangster, dan organisasi kriminal yang tidak bisa dijangkau oleh hukum.
Black Label melihat kejahatan sebagai penyakit, dan tugas mereka adalah “operasi” untuk membersihkan masyarakat. Setiap target dianggap sebagai “tumor” yang harus dihancurkan demi keselamatan orang banyak. Arashi, yang memiliki masa lalu tragis setelah kehilangan keluarganya karena kekerasan kriminal, bekerja bersama anggota lain dari Black Label, termasuk Mikoto Kiba dan Oriha Nashida, untuk melawan penjahat dengan kekuatan brutal.
