Tayutama: Kiss on My Deity berpusat pada Yuuri Mito, seorang siswa SMA yang berasal dari keluarga penjaga kuil tradisional. Suatu hari, Yuuri dan teman-temannya menemukan reruntuhan kuno di dekat kuil keluarganya. Di sana, mereka secara tidak sengaja melepaskan roh mistis kuno yang dikenal sebagai “Tayutai,” makhluk spiritual yang dulunya hidup berdampingan dengan manusia namun sekarang dilihat sebagai ancaman.
Dari reruntuhan tersebut, roh kuat bernama Mashiro muncul dalam wujud seorang gadis muda. Mashiro adalah inkarnasi dari dewi Tayutai yang bertugas menjaga keseimbangan antara manusia dan Tayutai lainnya. Dia memutuskan untuk tinggal bersama Yuuri dan menyatakan bahwa dia ingin menjadi manusia agar bisa hidup damai dengan manusia lainnya. Namun, Tayutai lain yang lebih berbahaya mulai mengancam kedamaian, dan Yuuri harus membantu Mashiro melawan mereka.
