Taboo Tattoo ceritanya mengikuti Seigi Akatsuka, seorang remaja yang memiliki keterampilan bela diri yang kuat, hidup dengan rasa keadilan yang tinggi. Suatu hari, ketika dia menolong seorang pria tunawisma yang diserang oleh sekelompok preman, Seigi diberi sebuah tato aneh di telapak tangannya sebagai tanda terima kasih. Tanpa sepengetahuannya, tato ini bukanlah tato biasa—melainkan sebuah “tato terlarang” yang berisi kekuatan luar biasa dan berbahaya.
Tato tersebut adalah salah satu dari beberapa “Taboo Tattoos,” senjata rahasia yang diciptakan oleh Amerika Serikat sebagai bagian dari perlombaan senjata melawan Kerajaan Selinistan, sebuah negara kecil namun sangat berbahaya yang mengincar dominasi global. Setiap Taboo Tattoo memiliki kekuatan khusus yang hanya bisa diaktifkan oleh pengguna yang cocok, dan Seigi tanpa sengaja menjadi salah satu dari mereka.
Setelah mendapatkan tato tersebut, Seigi mendapati dirinya terlibat dalam konflik global yang melibatkan para pengguna Taboo Tattoos lainnya, baik dari pihak Amerika Serikat maupun Kerajaan Selinistan. Di antara mereka adalah seorang gadis misterius bernama Izzy, seorang agen rahasia Amerika yang bertugas untuk merekrut pengguna tato dan melindungi mereka dari musuh.
Seiring dengan semakin dalamnya Seigi ke dalam dunia ini, dia harus belajar mengendalikan kekuatan tato miliknya, menghadapi musuh-musuh kuat, dan memutuskan di pihak mana dia akan bertarung. Pertarungan antara kekuatan keadilan dan kehancuran pun dimulai, dengan nasib dunia yang dipertaruhkan.
