Shokei Shoujo no Virgin Road berlatar di dunia di mana manusia dari Jepang modern sering dipanggil ke dalamnya sebagai Lost Ones (Orang yang Hilang), mereka diberikan kekuatan luar biasa yang dikenal sebagai Pure Concepts. Namun, kekuatan ini sering kali membawa kehancuran besar yang tidak terduga, merusak keseimbangan dunia. Akibatnya, Lost Ones dipandang sebagai ancaman yang harus dihilangkan.
Menou, seorang Executioner (eksekutor) muda, ditugaskan oleh gereja untuk memburu dan membunuh Lost Ones. Ia menjalankan tugasnya dengan dingin dan tanpa ampun, percaya bahwa ini adalah jalan untuk melindungi dunia dari kehancuran. Suatu hari, ia bertemu dengan seorang Lost One bernama Akari, seorang gadis ceria yang awalnya tampak biasa saja. Namun, ketika Menou mencoba melaksanakan tugasnya, ia menemukan bahwa Akari memiliki kemampuan regenerasi luar biasa yang membuatnya hampir tidak mungkin dibunuh.
Terpaksa menyembunyikan motifnya, Menou membawa Akari dalam perjalanan, sambil mencari cara untuk menghentikan kekuatan gadis itu. Sepanjang perjalanan, hubungan mereka berkembang, dan Menou mulai meragukan tugasnya, sementara rahasia besar tentang Akari dan dunia mereka perlahan terungkap. Dalam konflik antara kewajiban, hati nurani, dan kebenaran, Menou harus memutuskan apakah ia akan terus menjalankan tugasnya atau melawan nasib yang telah ditentukan.
