Shinobi no Ittoki: Ittoki Sakuraba gagal memahami mengapa ibu, pamannya, dan teman masa kecilnya, Kousetsu, tampak sangat memperhatikan keselamatannya. Kousetsu terus-menerus mengikuti dan mengamatinya tanpa mempedulikan privasinya, hanya fokus untuk menjaganya tetap aman setiap saat. Namun perburuan yang terus-menerus mulai masuk akal ketika seorang siswa tahun kedua yang menggemaskan di sekolah menengahnya, Satomi Tsubaki, mengajak Ittoki berkencan. Meskipun awalnya tidak bersalah, niat sebenarnya Tsubaki segera menjadi jelas ketika Ittoki mengunjungi rumahnya; dia berencana untuk membunuhnya, dan dia tidak sendirian. Anehnya, yang datang membantunya adalah pamannya dan Kousetsu—yang mengenakan pakaian ninja mereka yang gelap dan mematikan.
Setelah Ittoki diantar ke tempat aman, ibunya mengungkapkan kebenaran: dia adalah pewaris ke-19 klan ninja bangsawan yang dikenal sebagai Iga, dan menjadi target pembunuhan oleh klan saingan mereka, Koga. Untuk melindungi dirinya dari ancaman baru ini, Ittoki harus mengasah kemampuannya di satu-satunya akademi ninja yang tersisa di Jepang: Akademi Ninja Kokuten.
