Shikkakumon no Saikyou Kenja berlatar di dunia sihir, dimana kekuatan seorang penyihir ditentukan oleh lambang atau “crest” yang mereka miliki saat lahir. Setiap crest memiliki spesialisasi yang berbeda, dan salah satu yang dianggap paling lemah adalah “Fourth Crest,” yang membatasi kemampuan pemiliknya dalam bertarung jarak dekat.
Mathias Hildesheimer adalah seorang penyihir terkuat di dunia, tetapi dia lahir dengan Fourth Crest. Meskipun sudah mencapai puncak kekuatan, Mathias merasa terhambat oleh crest tersebut dan tidak bisa mencapai potensi penuhnya. Untuk mengatasi keterbatasan ini, Mathias memutuskan untuk bereinkarnasi ke masa depan dengan harapan bisa mendapatkan crest yang lebih cocok.
Setelah terlahir kembali ribuan tahun kemudian, Mathias menemukan bahwa dia kini memiliki “First Crest,” yang dikenal sebagai yang paling cocok untuk pertempuran. Namun, dia juga mendapati bahwa dunia telah berubah drastis; sihir dan pengetahuan tentang sihir telah merosot, dan monster-monster yang sebelumnya bisa dikalahkan dengan mudah kini menjadi ancaman besar.
Mathias, dengan pengetahuan dan kekuatan dari kehidupan sebelumnya, segera mendaftar di sebuah akademi sihir untuk memulai petualangan barunya. Di sana, dia bertemu dengan teman-teman baru dan mulai melatih mereka serta dirinya untuk melawan ancaman baru yang muncul di dunia ini.
Dengan kemampuan luar biasa dan wawasan yang mendalam, Mathias memimpin teman-temannya dalam berbagai pertempuran melawan monster, musuh-musuh jahat, dan ancaman lainnya. Sepanjang perjalanan, dia juga mencoba untuk mengembalikan dunia sihir ke kejayaan sebelumnya dan mengungkap misteri di balik kemunduran pengetahuan sihir.
