Serial Experiments Lain – Lain Iwakura adalah seorang gadis sekolah menengah yang pemalu dan introvert. Ia menjalani kehidupan yang biasa saja, hingga suatu hari, teman sekelasnya, Chisa Yomoda, yang baru saja bunuh diri, mengirimkan email misterius kepada teman-temannya. Yang lebih mengejutkan, Lain juga menerima pesan dari Chisa, yang menyatakan bahwa dirinya tidak mati, tetapi “hidup” di dunia digital yang dikenal sebagai The Wired.
Penasaran dengan pesan itu, Lain mulai menyelidiki The Wired, sebuah jaringan komunikasi virtual yang mirip dengan internet. Semakin dalam ia menyelami dunia digital ini, semakin banyak ia menemukan kebenaran yang mengaburkan batas antara dunia nyata dan virtual. Lain menyadari bahwa dirinya memiliki hubungan yang mendalam dan misterius dengan The Wired, yang mengarah pada pertanyaan tentang siapa dirinya sebenarnya dan apa tujuan hidupnya.
Saat Lain semakin terhubung dengan The Wired, ia menghadapi fenomena aneh, seperti gangguan realitas, konspirasi global, dan pengawasan oleh kelompok misterius. Ia juga mulai kehilangan kendali atas identitas dan keberadaannya, yang membuatnya mempertanyakan: Apakah dunia nyata itu nyata? Atau apakah semua ini hanyalah ilusi dari The Wired?