Senpai wa Otokonoko: Makoto Hanaoka, anak laki-laki yang menyukai hal-hal yang imut menghabiskan hari-hari SMAnya dengan menyamar sebagai perempuan.
Suatu hari sepulang sekolah, seorang gadis bernama Saki Aoi yang merupakan adik kelasnya mengungkapkan perasaannya padanya tanpa tahu kalau Makoto sebenarnya laki-laki. Makoto kemudian menolaknya dan mengatakan kalau ia seorang laki-laki. Namun, Saki justru tambah semangat dan mengatakan akan membuatnya jatuh cinta padanya.
Begitulah kisah romansa SMA yang sulit dicerna ini dimulai.
