Samurai Champloo: Fuu Kasumi adalah seorang pelayan muda dan canggung yang menghabiskan hari-harinya dengan tenang bekerja di sebuah kedai teh kecil. Begitulah, sampai dia secara tidak sengaja menumpahkan minuman ke salah satu pelanggannya! Dengan sekelompok samurai yang tak henti-hentinya melecehkannya, Fuu dengan putus asa memanggil samurai lain di toko, Mugen, yang dengan cepat mengalahkan mereka dengan teknik bertarung liarnya, menggunakan gerakan yang mirip dengan breakdance. Sayangnya, Mugen memutuskan untuk bertarung dengan ronin Jin yang enggan, yang menggunakan gaya bertarung pedang yang lebih tepat dan tradisional, dan Jin terbukti menjadi lawan yang tangguh. Satu-satunya masalah adalah, mereka akhirnya menghancurkan seluruh toko serta secara tidak sengaja membunuh putra hakim setempat.
Atas kejahatan mereka, kedua samurai tersebut ditangkap dan akan dieksekusi. Namun, mereka diselamatkan oleh Fuu, yang mempekerjakan keduanya sebagai pengawalnya. Meskipun dia tidak lagi mempunyai tempat untuk kembali, mantan pramusaji itu ingin menemukan seorang samurai yang berbau bunga matahari dan meminta bantuan dari pasangan yang kini dibebaskan dari tuduhan tersebut untuk melakukannya. Meskipun awalnya tidak menyetujui gagasan ini, keduanya akhirnya setuju untuk membantu gadis itu dalam pencariannya; oleh karena itu, ketiganya memulai petualangan untuk menemukan prajurit misterius ini—yaitu, jika Fuu dapat mencegah Mugen dan Jin saling membunuh.
Bertempat di Periode Edo alternatif di Jepang, Samurai Champloo mengikuti perjalanan tiga individu eksentrik ini dalam pencarian epik yang penuh aksi, komedi, dan pertarungan pedang yang dinamis, semuanya diatur dengan irama soundtrack unik yang mengandung hip-hop.