Rokujouma no Shinryakusha!? ceritanya berpusat pada seorang siswa SMA bernama Koutarou Satomi, yang menyewa sebuah apartemen kecil dengan harga murah di kompleks apartemen Corona. Dia memilih tinggal di sana karena biaya sewanya yang terjangkau, hanya 5.000 yen per bulan.
Namun, Koutarou segera menemukan bahwa apartemen tersebut bukanlah tempat tinggal yang biasa. Berbagai makhluk dan entitas mulai muncul, mengklaim bahwa mereka memiliki hak atas kamar kecil tersebut. Penghuni lain termasuk Sanae Higashihongan, seorang hantu yang menghantui ruangan; Theiamillis Gre Fortorthe, seorang putri alien; Yurika Nijino, seorang gadis penyihir; dan Kiriha Kurano, seorang gadis dari suku bawah tanah.
Masing-masing dari mereka memiliki alasan sendiri untuk ingin menguasai kamar Koutarou, sehingga terjadi persaingan dan konflik yang kocak dan penuh humor di antara mereka. Koutarou, yang awalnya hanya ingin hidup damai, kini terjebak dalam serangkaian peristiwa aneh dan lucu saat dia mencoba mempertahankan kamarnya dari para “penyerang” ini.
