Anime Rainbow berlatar pada tahun 1955, tujuh remaja laki-laki dikirim ke sebuah sekolah reformasi bernama Shounan Special Reform School karena berbagai pelanggaran hukum. Mereka ditempatkan di sel yang sama dan harus menghadapi kekejaman dari para penjaga dan dokter korup di fasilitas tersebut. Kehidupan mereka dipenuhi oleh penyiksaan fisik dan mental yang tak manusiawi.
Di tengah penderitaan, mereka menemukan kekuatan dalam persahabatan dan bimbingan dari teman satu sel mereka yang lebih tua, Rokurouta Sakuragi, seorang mantan petinju yang memiliki jiwa kepemimpinan yang kuat. Bersama-sama, mereka berusaha bertahan menghadapi kekejaman dunia di luar dan di dalam penjara.
Cerita tidak hanya berfokus pada kehidupan mereka di reformasi, tetapi juga perjuangan masing-masing dari mereka setelah keluar dari fasilitas tersebut. Mereka menghadapi tantangan besar dalam membangun kembali kehidupan di dunia yang keras dan penuh ketidakadilan. Hubungan persaudaraan yang mereka bangun di dalam penjara menjadi pilar yang membantu mereka untuk tetap berdiri.
