Pandora Hearts bercerita tentang Oz Vessalius, ia adalah pewaris muda dari keluarga bangsawan Vessalius yang kaya dan berpengaruh. Di usianya yang ke-15, Oz menjalani upacara kedewasaan, sebuah tradisi penting di keluarganya. Namun, upacara tersebut tiba-tiba berubah menjadi tragedi ketika sekelompok orang misterius yang disebut “The Baskervilles” muncul dan menyeret Oz ke dalam jurang kegelapan yang dikenal sebagai “Abyss.”
Abyss adalah dimensi aneh dan berbahaya yang dipenuhi oleh makhluk-makhluk menakutkan yang disebut “Chains.” Di sana, Oz bertemu dengan seorang gadis misterius bernama Alice, yang memiliki kemampuan untuk berubah menjadi Chain kuat bernama “B-Rabbit.” Alice, yang juga dikenal sebagai “Bloodstained Black Rabbit,” kehilangan sebagian besar ingatannya dan ingin menemukan ingatan-ingatan tersebut.
Dengan bantuan Alice dan kekuatan barunya, Oz berhasil melarikan diri dari Abyss. Namun, setelah kembali ke dunia nyata, ia mendapati bahwa sepuluh tahun telah berlalu sejak ia pertama kali jatuh ke dalam Abyss. Di dunia yang telah banyak berubah, Oz kini terlibat dengan organisasi misterius bernama “Pandora,” yang memiliki misi untuk menyelidiki dan mengendalikan kekuatan-kekuatan yang berasal dari Abyss.
Bersama dengan Alice dan teman-teman barunya dari Pandora, seperti Gilbert Nightray, teman masa kecilnya yang kini bekerja untuk organisasi tersebut, dan Xerxes Break, seorang pria aneh dengan masa lalu misterius, Oz memulai perjalanan untuk mengungkap kebenaran di balik Abyss, identitas Alice, dan tujuan sebenarnya dari organisasi Pandora.
