NouCome mengisahkan Kanade Amakusa, seorang siswa SMA yang menderita kondisi aneh bernama “Absolute Choice” (Pilihan Mutlak). Kondisi ini membuatnya terpaksa memilih antara dua atau lebih opsi yang tiba-tiba muncul di kepalanya, sering kali dengan hasil yang konyol atau memalukan, dan ia harus mematuhinya tidak peduli seberapa aneh pilihannya.
Akibat kondisi ini, kehidupan Kanade menjadi sangat sulit, karena dia sering berakhir dalam situasi aneh dan tidak diinginkan, yang membuatnya dianggap aneh oleh teman-teman sekolahnya. Namun, suatu hari, setelah dipaksa membuat salah satu pilihan konyol, seorang gadis cantik bernama Chocolat tiba-tiba jatuh dari langit. Chocolat mengaku sebagai “agen dewa” yang dikirim untuk membantunya menyelesaikan masalah Pilihan Mutlak.
Untuk bisa menghilangkan kutukan Pilihan Mutlak, Kanade harus menjalani serangkaian misi yang diberikan oleh dewa, yang melibatkan interaksi dengan teman-temannya dan beberapa situasi romantis yang aneh dan kocak. Bersama Chocolat, yang ternyata seringkali lebih suka makan dan bermalas-malasan daripada membantu, Kanade berusaha keras menjalani kehidupannya dan mencari cara untuk menghilangkan kutukan ini.
