Berlatar di kota utopia bernama No.6, cerita berfokus pada Shion, seorang remaja cerdas dan berbakat yang hidup nyaman sebagai bagian dari masyarakat elit di kota tersebut. Namun, kehidupannya berubah drastis ketika ia bertemu dengan seorang anak laki-laki misterius bernama Nezumi (Rat), seorang buronan yang kabur dari pihak berwenang di No.6. Meski mengetahui risikonya, Shion membantu Nezumi melarikan diri.
Empat tahun kemudian, Shion mulai menyadari bahwa kota No.6 yang terlihat sempurna sebenarnya menyembunyikan rahasia gelap, termasuk kontrol totalitarian dan eksperimen manusia. Ketika ia terlibat dalam sebuah insiden mematikan, Shion diusir dari kota dan bertemu kembali dengan Nezumi, yang membawanya ke dunia luar yang penuh kesulitan.
Bersama-sama, mereka berusaha mengungkap kebenaran di balik No.6, sambil menghadapi bahaya dari pemerintah yang berusaha menutupi rahasia mereka. Dalam perjalanan ini, Shion dan Nezumi saling belajar tentang kehidupan, kebebasan, dan arti dari hubungan manusia yang sejati.
