Nagasarete Airantou mengikuti kisah Ikuto Touhouin, seorang remaja yang, setelah kabur dari rumah karena bertengkar dengan ayahnya, terjebak dalam badai besar saat berlayar. Akibat badai tersebut, Ikuto terdampar di sebuah pulau misterius bernama Airantou.
Di pulau ini, Ikuto menemukan hal yang sangat aneh: pulau tersebut dihuni hanya oleh wanita, dan tidak ada pria sama sekali. Para wanita di pulau tersebut belum pernah melihat pria selama bertahun-tahun, sehingga kehadiran Ikuto menjadi sesuatu yang luar biasa. Para wanita, terutama yang muda, sangat tertarik padanya, dan banyak dari mereka mencoba untuk mendekati Ikuto, yang menimbulkan berbagai situasi komedi romantis dan kecanggungan.
Salah satu gadis utama yang dekat dengan Ikuto adalah Suzu, seorang gadis sederhana dan ceria yang tinggal bersama neneknya. Suzu segera tertarik pada Ikuto, dan dia menjadi teman terdekatnya selama berada di pulau. Bersama-sama, mereka mengalami berbagai petualangan dan kejadian lucu di pulau yang penuh dengan misteri dan keunikan.
