Myself; Yourself bercerita tentang Hidaka Sana, seorang remaja laki-laki yang kembali ke kampung halamannya setelah lima tahun tinggal di Tokyo. Dia kembali untuk melanjutkan sekolah di tempat lamanya, dan berharap bisa berkumpul kembali dengan teman-teman masa kecilnya.
Namun, ketika kembali, Sana mendapati banyak hal telah berubah, termasuk orang-orang yang dulu dia kenal. Teman-teman lamanya, terutama Yatsushiro Nanaka, kini lebih dewasa dan membawa banyak luka dan rahasia dalam kehidupan mereka. Sana harus beradaptasi dengan perubahan ini sambil mencoba memperbaiki hubungan yang terputus dan menghadapi berbagai tantangan emosional yang muncul seiring waktu.