Mugen no Juunin: Immortal (Blade of the Immortal) menceritakan perjalanan Manji, seorang ronin abadi yang berusaha menebus dosa-dosanya setelah membunuh 100 orang tak bersalah di masa lalu. Untuk mengakhiri keabadiannya, Manji harus membunuh 1.000 orang jahat. Dalam perjalanannya, ia bertemu Rin Asano, seorang gadis muda yang mencari balas dendam terhadap kelompok Itto-ryu, sebuah aliran pedang brutal yang telah membunuh keluarganya.
Rin meminta Manji menjadi pengawal sekaligus sekutunya dalam melawan Itto-ryu dan pemimpinnya, Kagehisa Anotsu, yang memiliki visi untuk merevolusi dunia seni bela diri. Bersama-sama, Manji dan Rin terlibat dalam pertarungan brutal yang penuh darah, intrik, dan dilema moral, sambil menjelajahi makna kehidupan, kematian, dan penebusan.
