Mekakucity Actors ceritanya ini berpusat pada sekelompok orang yang dikenal sebagai Mekakushi Dan (Blindfold Gang), sekelompok individu dengan kekuatan mata supernatural yang masing-masing memiliki kemampuan unik. Meskipun mereka berbeda latar belakang dan kepribadian, mereka semua memiliki satu kesamaan: kekuatan mereka berasal dari pengalaman traumatis di masa lalu.
Kisah dimulai dengan Shintarou Kisaragi, seorang hikikomori (penyendiri) yang tidak pernah keluar rumah selama dua tahun dan hidupnya hanya bergantung pada internet. Namun, hidupnya berubah ketika ia secara tidak sengaja merusak komputernya karena Ene, sebuah program AI yang tinggal di perangkatnya. Saat mencoba memperbaiki komputer, Shintarou terpaksa keluar rumah dan terseret ke dalam situasi penyanderaan di sebuah pusat perbelanjaan.
Di tengah kekacauan itu, ia bertemu dengan Mekakushi Dan, yang menyelamatkannya menggunakan kekuatan mereka. Shintarou kemudian bergabung dengan kelompok tersebut dan perlahan-lahan terlibat dalam misteri di balik kekuatan mereka, asal usul kekuatan itu, serta bagaimana mereka terhubung satu sama lain.
Cerita ini terungkap melalui sudut pandang berbagai karakter, termasuk Kido, pemimpin Mekakushi Dan yang dapat menyembunyikan dirinya; Seto, yang memiliki kemampuan membaca pikiran; dan Marry, gadis misterius dengan kemampuan melumpuhkan orang lain. Rahasia yang lebih dalam tentang masa lalu mereka, hubungan dengan “dunia lain,” dan ancaman besar yang membayangi mereka mulai terungkap.
