Meikyuu Black Company bercerita tentang Kinji Ninomiya, seorang pria yang awalnya hidup sebagai NEET kaya raya, berkat investasi propertinya. Namun, hidupnya berubah drastis ketika ia tiba-tiba terlempar ke dunia lain. Alih-alih menjadi pahlawan atau petualang hebat seperti di cerita isekai pada umumnya, Kinji malah dipaksa bekerja sebagai buruh kasar di perusahaan tambang yang sangat kejam, mirip dengan perusahaan “black company” di dunia nyata (perusahaan dengan praktik kerja yang buruk).
Di dunia baru ini, Kinji menemukan dirinya dalam situasi yang sulit, dengan kondisi kerja yang sangat berat dan atasan yang tiran. Namun, ia tidak menyerah begitu saja. Dengan kecerdikannya, Kinji berusaha memanjat hierarki perusahaan tambang tersebut, memanfaatkan segala cara untuk memperoleh kembali kehidupan mewah yang pernah ia miliki. Bersama teman-teman yang ia temui sepanjang perjalanan, termasuk seekor naga imut bernama Rim dan anggota lainnya, Kinji merencanakan cara untuk keluar dari nasib buruknya dan merebut kekuasaan.
