Mashiro-iro Symphony: The Color of Lovers Ceritanya ini berpusat pada Shingo Uryuu, seorang siswa yang bersekolah di Akademi Kagamidai.
Akademi Kagamidai adalah sekolah yang awalnya hanya menerima siswa laki-laki, tetapi baru-baru ini memulai program integrasi dengan Akademi Yuihime, sebuah sekolah khusus perempuan. Sebagai bagian dari percobaan integrasi, beberapa siswa dari Akademi Kagamidai, termasuk Shingo, dipindahkan ke Akademi Yuihime.
Di sekolah barunya, Shingo bertemu dengan berbagai gadis yang memiliki kepribadian dan latar belakang berbeda, termasuk Miu Amaha, seorang gadis lembut yang sangat peduli pada hewan; Sana Inui, yang awalnya tidak menyukai Shingo dan para siswa laki-laki lainnya; serta Airi Sena, ketua OSIS yang keras kepala dan menentang integrasi sekolah. Meskipun awalnya menghadapi berbagai tantangan dan ketegangan, Shingo perlahan-lahan berhasil mendekati para gadis dan menjalin hubungan yang lebih dalam dengan mereka.
