Little Witch Academia – Atsuko “Akko” Kagari adalah gadis muda yang terinspirasi menjadi penyihir setelah menyaksikan pertunjukan sihir memukau oleh idolanya, Shiny Chariot, saat masih kecil. Bertekad untuk mengikuti jejak idolanya, Akko mendaftar di Luna Nova Magical Academy, sekolah khusus untuk penyihir muda. Namun, dia segera menyadari bahwa dirinya tidak memiliki bakat alami untuk sihir, tidak seperti teman-temannya.
Dengan optimisme dan semangat pantang menyerah, Akko berteman dengan Lotte Yansson yang pemalu dan pecinta buku, serta Sucy Manbavaran yang eksentrik dan menyukai ramuan aneh. Bersama, mereka menghadapi berbagai tantangan di Luna Nova, baik berupa tugas-tugas sulit, insiden magis, hingga konflik dengan siswa lain seperti Diana Cavendish, seorang penyihir berbakat yang sering menjadi rival Akko.
Cerita berfokus pada upaya Akko menghidupkan kembali semangat sihir dan menemukan kebenaran tentang Shiny Chariot, yang ternyata memiliki masa lalu misterius. Akko juga berusaha mengungkap potensi sejati dirinya, yang perlahan terbangkitkan melalui Shiny Rod, sebuah artefak sihir yang hanya merespons orang yang percaya pada keajaiban.
