Kuusen Madoushi Kouhosei no Kyoukan berlatar di dunia di mana umat manusia terusir dari permukaan bumi akibat serangan makhluk mengerikan yang disebut Beasts. Untuk bertahan hidup, manusia tinggal di kota-kota terapung di langit. Di dunia ini, orang-orang menggunakan sihir sebagai senjata untuk melawan ancaman tersebut, dan para penyihir udara dilatih di akademi khusus untuk menjadi pejuang melawan Beasts.
Kanata Age, seorang mantan penyihir udara yang dikenal sebagai “Black Master Swordsman”, pernah menjadi pahlawan legendaris tetapi dicap sebagai pengkhianat setelah sebuah insiden tragis di medan perang. Kini, Kanata ditugaskan sebagai instruktur untuk Tim E601, sebuah kelompok murid yang memiliki reputasi buruk karena kegagalan mereka dalam setiap ujian. Tim ini terdiri dari tiga gadis:
Misora Whitale, seorang gadis keras kepala yang bercita-cita menjadi seperti ibunya. Lecty Eisenach, seorang penyihir pemalu yang memiliki bakat luar biasa tetapi kurang percaya diri. Rico Flamel, seorang gadis eksentrik yang mengklaim dirinya sebagai “ratu genius.”
Meskipun awalnya mereka tidak menyukai Kanata, perlahan-lahan ia membimbing mereka untuk memahami potensi mereka masing-masing, baik melalui latihan fisik maupun pelajaran emosional. Seiring waktu, tim ini berkembang, menghadapi ancaman Beasts yang semakin besar, dan mengungkap rahasia di balik sejarah dunia mereka.
