Kono Minikuku mo Utsukushii Sekai bercerita tentang dua siswa SMA, Takeru Takemoto dan Ryou Ninomiya, yang hidupnya berubah drastis setelah mengalami kejadian misterius.
Suatu malam, saat Takeru dan Ryou sedang mengantarkan barang dengan sepeda motor, mereka melihat cahaya aneh di langit dan memutuskan untuk mengejarnya. Cahaya tersebut membawa mereka ke hutan, di mana mereka menemukan seorang gadis cantik bernama Hikari yang tampak muncul dari dalam cahaya. Takeru segera terikat dengan Hikari dan bertekad melindunginya, terutama ketika monster misterius mulai menyerang mereka.
Namun, seiring berjalannya waktu, Hikari mengungkapkan bahwa dia bukan manusia biasa, tetapi makhluk yang memiliki hubungan dengan kehancuran dunia. Bersamaan dengan itu, muncul gadis lain bernama Akari, yang merupakan bagian dari misteri yang lebih besar yang melibatkan masa depan Bumi dan takdir Hikari.
