Kono Bijutsu-bu ni wa Mondai ga Aru!: Mizuki Usami adalah seorang siswi SMP yang rajin dan berdedikasi dalam menggambar, serta menjadi anggota klub seni di sekolahnya. Namun, klub seni tempat ia bernaung bukanlah klub biasa—anggota lainnya memiliki karakteristik unik yang membuat kegiatan klub sering kali menyimpang dari tujuan utamanya.
Collette, seorang gadis ceria dan nakal, suka membuat kekacauan di sekitar klub, dan Subaru Uchimaki, seorang otaku yang sangat berbakat dalam menggambar, hanya tertarik untuk menggambar “waifu” idealnya, yaitu gadis-gadis 2D yang sempurna dalam imajinasinya. Subaru tidak memiliki minat dalam hal lain, terutama dalam menggambar objek nyata atau bahkan melukis potret Mizuki, yang diam-diam menyukainya.
Selain mereka, ada pula anggota klub lain seperti presiden klub yang misterius dan sering kali menghilang tanpa jejak, serta guru pembimbing mereka yang tampaknya tidak terlalu peduli dengan kekacauan yang terjadi di klub.
