Kiznaiver: Katsuhira Agata adalah seorang remaja laki-laki pendiam dan pendiam yang rasa sakitnya telah hilang. Temannya, Chidori Takashiro, hanya bisa mengingat samar-samar hari-hari sebelum Katsuhira mengalami perubahan besar ini. Kini, sikapnya yang pendiam dan berpuas diri membuat Katsuhira selalu menjadi sasaran para pengganggu, yang mengeksploitasinya untuk mendapatkan sejumlah besar uang. Tapi tinju mereka hanya berhasil membuatnya berkedip, bahkan emosi pun jauh dari genggamannya.
Namun, suatu hari Katsuhira, Chidori, dan empat remaja lainnya diculik dan dipaksa untuk bergabung dengan Sistem Kizuna sebagai “Kiznaiver” resmi. Mereka yang ambil bagian terhubung melalui rasa sakit: jika salah satu anggota terluka, anggota lainnya akan merasakan penderitaan yang sama besarnya. Orang-orang ini harus menjadi tikus percobaan dan kambing hitam dari sistem yang tidak lengkap yang dirancang dengan mempertimbangkan perdamaian dunia. Dengan nasib mereka yang benar-benar saling terkait, para Kiznaiver harus memperlihatkan jati diri mereka satu sama lain, atau berisiko gagal lebih dari sekadar Sistem Kizuna.
