Kaze no Stigma mengisahkan tentang Kazuma Yagami, seorang pria yang memiliki kekuatan mengendalikan angin (Fūjutsu) setelah diusir dari keluarganya karena ketidakmampuannya dalam mengendalikan api (Kenjutsu), elemen yang diwariskan secara turun-temurun di keluarga Kannagi.
Empat tahun setelah pengusirannya, Kazuma kembali ke Jepang dengan kekuatan angin yang sangat kuat. Namun, kedatangannya dibayangi oleh serangkaian pembunuhan yang terjadi di kalangan keluarga Kannagi, di mana pelakunya diyakini menggunakan kekuatan angin, membuat Kazuma dicurigai sebagai pelakunya.
Kazuma terlibat dengan Ayano Kannagi, sepupunya yang impulsif dan pewaris dari keluarga Kannagi, yang memiliki kekuatan mengendalikan api. Awalnya, hubungan mereka penuh ketegangan, tetapi seiring berjalannya waktu, mereka mulai bekerja sama untuk mengungkap siapa yang sebenarnya berada di balik pembunuhan itu dan menghadapi ancaman yang lebih besar yang menyerang keluarga mereka.
