Josee to Tora to Sakana-tachi berpusat pada Tsuneo Suzukawa, seorang mahasiswa yang bercita-cita menjadi penyelam dan ingin melanjutkan studinya ke Meksiko untuk meneliti kehidupan bawah laut. Suatu hari, ia secara tak terduga bertemu dengan Kumiko, seorang gadis berkursi roda yang lebih suka dipanggil Josee, seperti karakter dalam novel favoritnya.
Josee menjalani hidupnya dengan terbatas di dalam rumah di bawah perlindungan neneknya yang sangat protektif. Ia menghabiskan waktunya dengan menggambar dan membaca buku, tanpa pernah benar-benar mengeksplorasi dunia luar. Setelah pertemuan mereka, Tsuneo mulai bekerja sebagai pengasuh Josee, meskipun hubungan awal mereka penuh dengan bentrokan karena sikap Josee yang kasar dan arogan.
Seiring waktu, Tsuneo menyadari bahwa di balik sikapnya yang keras, Josee memiliki mimpi besar—ia ingin melihat dunia lebih luas dan menjadi seorang ilustrator. Dengan dukungan Tsuneo, Josee mulai keluar dari zona nyamannya, mencoba menghadapi ketakutannya, dan mengejar impian yang selama ini hanya berani ia lukiskan dalam gambar.
