Anime Island berlatar di sebuah pulau terpencil bernama Urashima yang terisolasi dari dunia luar. Pulau ini memiliki masa lalu yang penuh misteri dan mitos, termasuk legenda tentang sebuah kutukan yang menimpa penduduknya. Cerita berpusat pada seorang pria muda bernama Setsuna Sanzenkai, yang ditemukan terdampar di pantai pulau tersebut tanpa ingatan tentang siapa dirinya atau bagaimana dia sampai di sana.
Setsuna hanya ingat satu hal: dia dikirim dari masa depan untuk menyelamatkan seorang gadis yang tinggal di pulau itu. Dalam usahanya mencari tahu identitasnya dan misinya, Setsuna bertemu dengan tiga gadis yang menjadi kunci dalam cerita: Rinne Ohara, Karen Kurutsu, dan Sara Garandou. Ketiga gadis ini masing-masing memiliki latar belakang dan masalah mereka sendiri yang terkait dengan legenda dan masa lalu gelap pulau tersebut.
