HaruChika: Haruta to Chika wa Seishun suru berpusat pada dua karakter utama, Haruta Kamijou dan Chika Homura, yang merupakan teman masa kecil. Setelah lama tidak berjumpa, mereka kembali bertemu di sekolah menengah atas dan bergabung dengan klub musik yang hampir dibubarkan. Haruta, yang berbakat dalam bermain alat musik tiup, dan Chika, yang baru saja mulai belajar memainkan seruling, bekerja sama untuk menyelamatkan klub mereka dari pembubaran dengan merekrut anggota baru dan berlatih untuk kompetisi.
Namun, cerita tidak hanya berfokus pada musik; anime ini juga menyelipkan elemen misteri. Bersama-sama, Haruta dan Chika sering kali terlibat dalam berbagai insiden misterius yang terjadi di sekitar mereka, dan mereka bekerja sama untuk memecahkan misteri-misteri tersebut. Seiring berjalannya waktu, mereka mulai menyadari perasaan satu sama lain, meskipun mereka juga harus bersaing untuk mendapatkan perhatian dari guru mereka yang mereka kagumi.
