Happiness! bercerita pada kehidupan sehari-hari siswa-siswi di sebuah sekolah sihir. Cerita ini berpusat pada Haruhi Kamisaka, seorang gadis yang sedang belajar sihir di Sekolah Mizuhosaka. Haruhi bercita-cita menjadi penyihir hebat untuk membantu orang lain, terinspirasi oleh seorang penyihir misterius yang pernah menyelamatkannya di masa kecil.
Di sekolah, Haruhi bertemu dengan seorang siswa biasa bernama Yuma Kohinata. Meski tidak memiliki kemampuan sihir, Yuma terlibat dalam kehidupan Haruhi dan teman-temannya yang merupakan para penyihir. Setelah sebuah insiden yang mengakibatkan ledakan sihir di kelas, kehidupan Yuma semakin terikat dengan dunia sihir, terutama karena Haruhi dan teman-temannya menjadi lebih terlibat dalam kesehariannya.
