Gungrave ceritanya dimulai dengan Brandon Heat dan sahabatnya, Harry MacDowell, yang menjalani hidup sebagai preman kecil di kota yang keras. Setelah peristiwa tragis yang menewaskan teman-teman mereka, Brandon dan Harry memutuskan untuk bergabung dengan organisasi kriminal besar bernama Millennion demi bertahan hidup dan mengejar ambisi mereka.
Di Millennion, Brandon menjadi pembunuh bayaran yang setia dan diam-diam melindungi orang-orang yang dicintainya, termasuk Maria, cinta masa kecilnya. Sementara itu, Harry, yang haus akan kekuasaan, memanjat hierarki organisasi dengan ambisi besar untuk mengambil alih Millennion. Namun, persahabatan mereka mulai runtuh ketika nilai dan tujuan mereka bertabrakan. Pengkhianatan besar terjadi, yang menyebabkan kematian Brandon di tangan Harry.
Namun, cerita tidak berhenti di sana. Brandon dibangkitkan oleh seorang ilmuwan dengan teknologi misterius sebagai Beyond the Grave (Grave), seorang pejuang yang bangkit dari kematian untuk membalas dendam pada Harry dan organisasi Millennion. Grave kini harus menghadapi pasukan supernatural, loyalitas lamanya, dan kebenaran tentang apa yang telah terjadi selama ia mati.
