Great Teacher Onizuka (GTO) bercerita tentang Eikichi Onizuka yang berusia 22 tahun, ia adalah mantan pemimpin geng motor yang terkenal karena kenakalannya. Namun, terlepas dari masa lalunya yang liar, ia memiliki cita-cita yang unik: menjadi guru sekolah. Tidak seperti guru pada umumnya, motivasi awal Onizuka untuk menjadi guru adalah mendapatkan perhatian dari siswi-siswi cantik. Namun, seiring berjalannya waktu, ia menemukan panggilan sejatinya sebagai pendidik yang ingin membuat perbedaan dalam kehidupan siswa-siswinya.
Onizuka akhirnya mendapatkan pekerjaan sebagai guru wali kelas di sebuah sekolah swasta. Ia diberikan kelas yang dikenal sebagai kelas yang paling sulit dihadapi, dengan siswa-siswi yang bermasalah dan sering membuat guru-guru sebelumnya menyerah. Kelas ini dipenuhi dengan anak-anak yang mengalami berbagai masalah, dari perundungan hingga masalah keluarga yang serius.
Dengan metode pengajaran yang tidak konvensional dan kepribadian yang penuh semangat, Onizuka berhasil memecahkan masalah-masalah yang dihadapi oleh siswa-siswinya satu per satu. Dia menggunakan kombinasi dari humor, kekerasan ringan, dan kebijaksanaan yang tidak terduga untuk memenangkan hati dan kepercayaan mereka.
Meskipun sering kali membuat para guru lain dan pihak sekolah kesal dengan pendekatannya yang eksentrik, Onizuka perlahan-lahan mulai membuktikan bahwa dirinya adalah guru yang benar-benar peduli dengan masa depan murid-muridnya. Ia menunjukkan bahwa dengan cinta, dedikasi, dan sedikit kegilaan, seorang guru bisa menjadi sosok yang penting dan inspiratif dalam kehidupan para siswa.