Iori Kitahara pindah ke kota pesisir Izu untuk tahun pertamanya di universitas tersebut, dan bertempat tinggal di atas Grand Blue, toko selam scuba milik pamannya. Iori memiliki harapan dan impian yang tinggi untuk mendapatkan pengalaman kuliah yang ideal, tetapi ketika dia memasuki toko, dia terjerumus ke dalam aktivitas alkoholik dari anggota Klub Selam yang riang dan sering mengunjungi tempat itu. Dibujuk oleh kakak kelas Shinji Tokita dan Ryuujirou Kotobuki, Iori dengan enggan bergabung dengan pesta aneh mereka. Sepupunya Chisa Kotegawa kemudian masuk dan memergokinya sedang beraksi, membuat Iori sangatsinis terhadapny.
Berdasarkan manga komedi populer Kenji Inoue dan Kimitake Yoshioka, Grand Blue mengikuti kesialan Iori dengan teman-teman barunya yang eksentrik saat ia berusaha mewujudkan impian kuliah idealnya, sambil juga belajar cara menyelam.
