Gibiate Ceritanya terjadi di Jepang. Saat itu tahun 2030 dan Bumi telah sepenuhnya dikuasai oleh penyakit virus bernama “Gibia” yang mengubah orang yang terinfeksi menjadi berbagai monster berbeda, berdasarkan usia, jenis kelamin, dan ras.
Seorang samurai dan ninja dari awal zaman Edo melakukan perjalanan bersama melintasi waktu dan tiba di Jepang yang hancur untuk membantu seorang profesor yang bekerja pada pengobatan virus tersebut.
Bersama-sama, mereka melawan monster Gibia, penjahat, dan musuh sengit lainnya yang tak terhitung jumlahnya dalam perjalanan mereka untuk menyelamatkan umat manusia.
