Flying Witch menceritakan kehidupan seorang penyihir muda bernama Makoto Kowata. Sebagai bagian dari tradisi, Makoto meninggalkan rumah orang tuanya di Yokohama untuk melatih kemampuan sihirnya. Ia pindah ke desa Aomori yang tenang dan tinggal bersama sepupunya, Kei Kuramoto, dan adik perempuannya, Chinatsu.
Meskipun Makoto adalah penyihir, ceritanya tidak berfokus pada konflik atau aksi magis yang intens. Sebaliknya, anime ini menampilkan kesehariannya di pedesaan sambil mempelajari sihir, mengenal orang-orang baru, dan menghadapi berbagai situasi lucu serta hangat. Kehadirannya memperkenalkan elemen magis dalam kehidupan sehari-hari, seperti berinteraksi dengan makhluk mistis dan belajar mantra baru.
