Fate/Apocrypha: Perang suci merupakan perang yang memperebutkan cawan suci antara para servant (roh pahlawan) beserta masing-masing masternya (penyihir).
Namun, saat perang cawan suci ke-3 dimulai, beberapa master melakukan penyalahgunaan dan memanfaatkan kekacauan untuk mencuri Cawan Suci. Dan secara misterius, cawan suci akhirnya menghilang.
Beberapa puluh tahun kemudian muncul rumor tentang pemilik dari cawan suci tersebut berada di tangan pasukan Jerman. Mereka juga sedang melakukan pencarian besar-besaran artefak kuno untuk memenangkan peperangan. Namun pada era tersebut, master mereka sendiri membelot dari pasukan jerman dan berhasil merebut cawan suci untuk dirinya sendiri. Karena itulah, hingga saat ini muncul banyak ritual Holy Grail palsu yang terjadi di kota Fuyuki.
Dan kini, keluarga Yggdmillenia menyatakan kalau mereka memiliki cawan suci asli. Yggdmillenia menggunakan kekuatan cawan suci untuk memanggil ketujuh servant, namun cawan suci memiliki aturannya sendiri, disaat tak ada lawan lainnya, cawan suci berhak untuk memanggil ketujuh servant lainnya yang seimbang.
Untuk itulah, Asosiasi penyihir sebagai Faksi Hitam akhirnya mengumpulkan 7 penyihir dari penjuru dunia untuk ikut dalam perang cawan suci bertarung dengan keluarga Yggdmillenia sebagai Faksi Merah. Perang memperebutkan cawan suci sekali lagi dimulai.
