Dragon Crisis! mengisahkan tentang seorang siswa SMA bernama Ryuji Kisaragi yang hidupnya berubah drastis setelah bertemu dengan seorang gadis misterius bernama Rose. Ryuji adalah seorang “Breaker,” yaitu seseorang yang memiliki kemampuan khusus untuk menangani dan menggunakan barang-barang mistis yang dikenal sebagai “Lost Precious.”
Suatu hari, sepupunya, Eriko Nanao, yang juga seorang Breaker, mengajak Ryuji untuk membantunya merebut sebuah peti harta karun dari sindikat jahat. Di dalam peti tersebut, mereka menemukan seorang gadis naga berambut pirang yang tampaknya memiliki ikatan kuat dengan Ryuji. Gadis itu kemudian diberi nama Rose, dan Ryuji terkejut ketika mengetahui bahwa Rose adalah naga langka dan kuat.
Seiring dengan waktu, Ryuji dan Eriko menghadapi berbagai tantangan yang melibatkan organisasi misterius, Breaker lain, dan Lost Precious yang kuat. Hubungan antara Ryuji dan Rose berkembang, dan Ryuji berusaha melindungi Rose dari berbagai ancaman sambil juga menggali lebih dalam tentang asal-usul dan kekuatan luar biasa yang dimiliki Rose.
