Conception ceritanya berfokus pada Itsuki Yuge, seorang siswa SMA yang tiba-tiba dipanggil ke dunia lain bernama Granvania bersama sepupunya, Mahiru Konatsuki. Di dunia tersebut, Itsuki diberi misi untuk menyelamatkan Granvania yang sedang terancam oleh kekuatan kegelapan yang disebut “Impurities.”
Untuk mengalahkan Impurities, Itsuki harus bekerja sama dengan 12 gadis yang mewakili 12 tanda zodiak. Mereka harus menciptakan “Star Children,” anak-anak yang lahir dari hubungan spiritual antara Itsuki dan para gadis. Star Children ini menjadi kekuatan utama dalam pertempuran melawan musuh.