Code Breaker: Sakurakouji Sakura adalah seorang siswi SMA yang dikenal baik hati dan memiliki rasa keadilan yang kuat. Suatu malam, saat dia sedang naik bus, dia melihat pemandangan aneh di taman: seorang anak laki-laki dikelilingi oleh orang-orang yang terbakar hidup-hidup dengan api biru misterius, tetapi tanpa tanda-tanda kebakaran.
Keesokan harinya, Sakura dikejutkan oleh kemunculan anak laki-laki itu di sekolahnya, memperkenalkan dirinya sebagai Oogami Rei, seorang siswa pindahan yang tampaknya ramah. Namun, Sakura segera mengetahui bahwa Oogami adalah seorang Code:Breaker—seorang pembunuh berdarah dingin dengan kekuatan super yang bekerja untuk sebuah organisasi rahasia bernama Eden. Tugasnya adalah menghukum orang-orang jahat yang tidak bisa dijangkau oleh hukum.
Sakura, yang percaya pada prinsip bahwa kekerasan tidak pernah benar, mencoba menghentikan Rei dalam misinya. Sementara itu, dia terlibat lebih dalam dengan dunia rahasia yang penuh bahaya, di mana kebenaran tentang Code:Breaker, Eden, dan berbagai kekuatan supernatural terungkap.
