Brand New Animal ceritanya dimulai dengan Michiru Kagemori, seorang gadis manusia biasa yang tiba-tiba berubah menjadi beastman rakun. Bingung dan ketakutan, Michiru melarikan diri ke Anima City, sebuah kota khusus yang menjadi tempat berlindung bagi beastmen dari diskriminasi manusia. Di sana, dia bertemu dengan Shirou Ogami, seorang beastman serigala yang kuat dan berdedikasi untuk melindungi beastmen dari ancaman apa pun.
Michiru berusaha menemukan jawaban tentang mengapa dia berubah menjadi beastman dan bagaimana dia bisa kembali menjadi manusia. Namun, selama perjalanannya, dia mulai memahami kehidupan beastmen, tantangan yang mereka hadapi, dan perbedaan mendasar antara manusia dan beastmen. Dia juga bekerja sama dengan Shirou untuk mengungkap konspirasi besar yang mengancam keberadaan Anima City dan hubungan antara kedua ras.
