Blue Period mengisahkan perjalanan Yatora Yaguchi, seorang siswa SMA berbakat secara akademis tetapi merasa kosong dan tidak memiliki tujuan hidup yang jelas. Suatu hari, ia menemukan inspirasi ketika melihat lukisan indah di ruang seni sekolahnya. Tergerak oleh keindahan seni, ia memutuskan untuk mengejar karier di dunia seni rupa, meskipun tidak memiliki pengalaman sebelumnya.
Perjalanan Yatora tidak mudah; ia harus menghadapi tantangan besar, termasuk kurangnya dukungan awal dari lingkungan sekitarnya, tekanan untuk memenuhi standar tinggi, dan perjuangan dengan ketidakpastian di dunia seni. Dengan semangat, kerja keras, dan bantuan dari teman-teman dan gurunya, Yatora berusaha untuk diterima di Universitas Seni Tokyo, salah satu sekolah seni paling bergengsi di Jepang.