Babylon – Zen Seizaki, seorang jaksa penuntut umum yang berdedikasi, mulai menyelidiki sebuah kasus dugaan korupsi yang melibatkan perusahaan farmasi. Saat menggali lebih dalam, ia menemukan dokumen aneh yang dilampirkan dalam laporan penelitian. Dokumen itu mencakup huruf-huruf yang ditulis dengan darah, yang mengarahkan Seizaki ke konspirasi yang jauh lebih besar dan berbahaya.
Penyelidikan membawanya ke proyek mendirikan kota independen bernama Shiniki, sebuah wilayah otonom di Tokyo yang dirancang untuk menguji batas hukum dan moral. Namun, ia segera menemukan bahwa proyek ini terkait dengan serangkaian insiden mengerikan, termasuk pembunuhan, bunuh diri, dan manipulasi psikologis.
Dalam perjalanan ini, Seizaki bertemu dengan Ai Magase, seorang wanita misterius dengan pengaruh yang mematikan terhadap siapa saja yang berinteraksi dengannya. Kehadirannya memicu pertanyaan mendalam tentang moralitas manusia dan konsep keadilan. Seizaki harus menghadapi dilema moral yang rumit sambil mengejar kebenaran, tetapi semakin ia mendekat, semakin berbahaya situasinya.
