Sepuluh tahun lalu, letusan gunung berapi membawa Kepulauan Ayaka di Jepang ke ambang kehancuran. Sejak itu, Yukito Yanagi tinggal bersama keluarga asuh di daratan, namun ia mengisolasi diri dari orang lain setelah kejadian yang mengganggu. Karena keinginan mendiang ayahnya, Makoto, Yukito dibawa kembali ke tempat kelahirannya pada hari kelulusan sekolah menengahnya. Di sana ia bertemu dengan murid-murid Makoto dan mempelajari keadaan supernatural di wilayah tersebut. Bentuk kehidupan misterius yang dikenal sebagai Mitama menghuni pulau-pulau tersebut, namun potensi mereka untuk memakan energi negatif manusia dan berubah menjadi monster ganas yang disebut Ara-Mitama membahayakan kehidupan penduduk pulau.
Yukito menemukan bahwa, seperti ayahnya, dia adalah Ley Master—individu spesial dengan kemampuan yang mirip dengan sihir, bertugas menenangkan Ara-Mitama. Saat dia belajar mengatasi trauma dan mengendalikan kekuatannya, Yukito memutuskan untuk mengikuti jejak ayahnya dan menjadi Ley Master kelas satu untuk melindungi kedamaian Ayaka.
