Arata Kangatari ceritanya berkisar pada Arata Hinohara, seorang siswa SMA yang merasa terasing dan dikhianati oleh teman-temannya. Di dunia paralel bernama Amawakuni, ada seorang anak bernama Arata dari klan Hime yang harus menyamar sebagai perempuan untuk memenuhi tradisi sebagai pewaris putri suci. Namun, sebuah insiden menyebabkan Arata dituduh melakukan kejahatan terhadap sang putri, mengakibatkan dia harus melarikan diri.
Secara tak terduga, Hinohara dan Arata dari Amawakuni bertukar tempat akibat sebuah fenomena magis. Hinohara harus menghadapi dunia baru di Amawakuni, di mana ia terjebak dalam konflik antarklan dan menggunakan senjata legendaris bernama Hayagami untuk bertahan. Sementara itu, Arata harus menyesuaikan diri dengan kehidupan di dunia modern.
