Aku no Hana ceritanya berpusat pada Takao Kasuga, seorang siswa SMA yang gemar membaca sastra, terutama karya Charles Baudelaire seperti Les Fleurs du Mal (The Flowers of Evil). Takao merasa dirinya berbeda dari teman-temannya dan seringkali menyendiri, hidup dalam dunia fantasinya yang penuh pemikiran filosofis.
Suatu hari, Takao tanpa sadar melakukan sesuatu yang akan mengubah hidupnya selamanya: ia mencuri pakaian olahraga milik Nanako Saeki, gadis yang ia kagumi diam-diam. Namun, tindakannya ini tidak luput dari perhatian Sawa Nakamura, seorang gadis yang memiliki kepribadian keras dan aneh. Nakamura mengancam Takao untuk menjadi “temannya” dan memanipulasinya dengan rahasia ini. Hubungan mereka berkembang menjadi permainan psikologis yang gelap dan intens, saat Nakamura perlahan-lahan mendorong Takao untuk menghadapi sisi tergelap dari dirinya.
Sementara itu, Takao juga berusaha mendekati Saeki, berharap bisa memulai hubungan romantis dengannya. Namun, rasa bersalah, rahasia yang ia sembunyikan, dan pengaruh Nakamura terus menghantui dan merusak kehidupannya.
