Afro Samurai mengikuti perjalanan Afro, seorang pendekar pedang yang berjuang untuk membalas dendam atas kematian ayahnya. Dalam dunia di mana status dan kekuatan ditentukan oleh ikat kepala, dua di antaranya sangat penting: Nomor Satu, yang memberi kekuasaan tak terbatas, dan Nomor Dua, yang menjadi satu-satunya penantang sah untuk merebut posisi Nomor Satu.
Ayah Afro, pemegang ikat kepala Nomor Satu, dibunuh secara brutal oleh Justice, seorang pria kuat yang mengklaim posisi itu. Afro tumbuh dengan satu tujuan: merebut kembali ikat kepala Nomor Satu dan membalas dendam. Namun, memegang posisi Nomor Dua berarti ia harus menghadapi banyak musuh yang menginginkan kesempatan melawan Nomor Satu.
